藻膽蛋白由許多亞基組成，每個(gè)亞基具有蛋白質(zhì)骨架，線(xiàn)性四吡咯發(fā)色團(tuán)與其共價(jià)結(jié)合。 藻紅蛋白（紅色）和藻藍(lán)蛋白（藍(lán)色）是兩種主要的藻膽蛋白。 藻紅蛋白（PE）的吸收極大值介于490和570nm之間，而藻藍(lán)蛋白（PC）的吸收極大值介于610和665nm之間。 通常，當(dāng)作為硫酸銨沉淀物冷藏儲(chǔ)存時(shí)，藻膽蛋白具有良好的長(zhǎng)期穩(wěn)定性。 純化的膽脂蛋白可以在酸性或堿性條件下解離成亞基，但在室溫下在中性pH下相對(duì)穩(wěn)定，濃度大于0.1mg / mL。 解離的亞基通常具有比天然色素更低的著色和熒光。 建議將所有藻膽蛋白及其結(jié)合物（優(yōu)選在中性緩沖溶液中）冷藏，不要冷凍。
藻膽蛋白[包括B-藻紅蛋白（B-PE），R-藻紅蛋白（R-PE）和別藻藍(lán)蛋白（APC）]是用于生物學(xué)檢測(cè)的超靈敏熒光染料。 它們比傳統(tǒng)的有機(jī)熒光團(tuán)靈敏度高100倍。 即使在諸如流式細(xì)胞術(shù)和**測(cè)定的實(shí)際應(yīng)用中，藻膽蛋白綴合的抗體的靈敏度通常遠(yuǎn)大于相應(yīng)的基于有機(jī)分子的綴合物的靈敏度。 Phycobiliproteins是極亮的熒光標(biāo)簽，具有多個(gè)位點(diǎn)，可與許多生物和合成材料形成穩(wěn)定的結(jié)合。
B-藻紅蛋白（B-PE）具有三個(gè)吸收帶，在545nm處具有極大吸收。 B-PE的亞基結(jié)構(gòu)類(lèi)似于R-PE，但亞基的發(fā)色團(tuán)含量不同，導(dǎo)致吸收峰的相對(duì)強(qiáng)度不同：α和β亞基僅含有PEB，而γ亞基含有PEB和PUB。 B-PE存在于藍(lán)**和紅藻中。 B-PE的強(qiáng)烈粉紅色和橙色熒光幾乎與肉眼無(wú)法區(qū)分的R-PE。 別藻藍(lán)蛋白在主要的藻膽蛋白中是極不穩(wěn)定的，在低濃度下易于解離，包括進(jìn)行某些測(cè)定的濃度。 出于這個(gè)原因，許多研究人員更喜歡使用在α和β亞基之間化學(xué)交聯(lián)并且比APC穩(wěn)定得多的CL-APC。
R-藻紅蛋白（R-PE）從紅藻中分離。 其主要吸收峰位于565nm，**峰位于496nm和545nm。 次生峰的相對(duì)突出性在來(lái)自不同物種的R-PE之間顯著不同。 R-PE具有三種類(lèi)型的亞基：α（~20,000道爾頓），β（~20,000道爾頓）和γ（~30,000道爾頓）。 已發(fā)現(xiàn)完整R-PE的分子量為約240,000道爾頓，并且已確定（αβ）6γ的亞基結(jié)構(gòu)。 R-PE的α亞基僅含有藻紅蛋白（PEB）發(fā)色團(tuán)，而β和γ亞基含有PEB和藻藍(lán)蛋白（PUB）。 來(lái)自不同物種的R-PE的吸收光譜的可變性反映了亞基的PEB / PUB比率的差異。 R-PE和密切相關(guān)的B-PE是極強(qiáng)熒光的藻膽蛋白，其量子效率可能超過(guò)90％，并且在任何中等濃度的溶液中，其橙色熒光很容易被肉眼看到。
C-藻藍(lán)蛋白（C-PC）在許多藍(lán)**中作為主要的藻膽蛋白發(fā)生，在一些紅藻中作為次生的藻膽蛋白發(fā)生。 該顏料在615和620nm之間具有單個(gè)可見(jiàn)吸收極大值，在~650nm處具有極大熒光發(fā)射。 其分子量在70,000至110,000道爾頓之間。 顏料由兩個(gè)亞基α和β組成，它們以相同的數(shù)量出現(xiàn)，但構(gòu)成分子的α和β對(duì)的確切數(shù)目可能因物種而異。 α和β亞基都僅含有PCB發(fā)色團(tuán)。 除了直接吸收光之外，這種強(qiáng)烈的藍(lán)色顏料通過(guò)熒光能量轉(zhuǎn)移接受來(lái)自藻紅蛋白的量子，其中存在PE的生物體。 C-PC的紅色熒光轉(zhuǎn)移到別藻藍(lán)蛋白。
