隨著多色流式細(xì)胞儀的出現(xiàn)，新熒光染料和標(biāo)記抗體也得到了長(zhǎng)足發(fā)展。然而熒光染料的發(fā)射光譜并不是與流式細(xì)胞儀的檢測(cè)通道**對(duì)應(yīng)的。在大多數(shù)情況下，一種染料的發(fā)射光譜常常會(huì)橫跨多個(gè)檢測(cè)通道，這樣會(huì)造成其它通道的信號(hào)造成干擾。并且不同蛋白的表達(dá)水平、染料的亮度都各不相同，如果染料搭配不合理，可能會(huì)對(duì)數(shù)據(jù)分析造成巨大困擾，甚至?xí)驍?shù)據(jù)完全無(wú)法分析而導(dǎo)致實(shí)驗(yàn)失敗。針對(duì)每個(gè)多色流式檢測(cè)實(shí)驗(yàn)，設(shè)計(jì)合理的顏色搭配，會(huì)大大提高實(shí)驗(yàn)效率。雖然為實(shí)驗(yàn)中所需抗體選擇*佳的熒光染料組合是一個(gè)復(fù)雜的過(guò)程。
熒光染料的亮度可以用來(lái)比較不同熒光染料的熒光標(biāo)記效果，通過(guò)陰性細(xì)胞群與陽(yáng)性細(xì)胞群的熒光信號(hào)之間的關(guān)系來(lái)表示。但是陰性細(xì)胞群的熒光信號(hào)受到信號(hào)強(qiáng)度、自發(fā)熒光、非特異性染色、儀器的電子噪聲等多個(gè)因素相關(guān)。為了避免這些不易控制的因素干擾對(duì)熒光染料亮度的判斷，科學(xué)家們提出了染色指數(shù)（Stain Index）的概念。
染色指數(shù)定義為陽(yáng)性細(xì)胞群的平均熒光強(qiáng)度與陰性細(xì)胞群的平均熒光強(qiáng)度之差與陰性細(xì)胞群熒光強(qiáng)度標(biāo)準(zhǔn)差之間比值的一半。染色系數(shù)只和抗體克隆與質(zhì)量、熒光團(tuán)純度與質(zhì)量、熒光修飾比、激光線及其功率、長(zhǎng)通和帶通濾光片、目的細(xì)胞等因素相關(guān)?？傮w來(lái)說(shuō)，染色指數(shù)與熒光染料的亮度呈正相關(guān)，即熒光染料亮度越高，其染色系數(shù)越高，反之亦然。
因此，通過(guò)染色指數(shù)可以看出常見的熒光染料的強(qiáng)度：PE > APC > FITC > PerCP。